empezemos por ordenar tu código

:
en el frame 1 escribe dos funciones y declara tus variables : (una función será para duplicar los clips, y otra para borrarlos, y una variable para saber cuantos clips se crearán)
Code:
// aquí cuantos clips quieres
var maxClips = 30;
//crear los clips
function creatClips ():Void {
for (i = 0; i < maxClips; i++) {
_root.ball.duplicateMovieClip ("boxx" + i, i);
//referencia al nuevo clip creado en una variable local:
var newClip:MovieClip = _root["boxx" + i];
//manipula el clip recién creado:
//mejor usa la clase Math.: random(n) = Math.random()*n
newClip._x = Math.random () * 250;
newClip._y = Math.random () * 75;
newClip._xscale = Math.random () * 100;
newClip._yscale = Math.random () * 100;
newClip._alpha = Math.random () * 100;
}
}
//borrar los clips
function deleteClips ():Void {
for (i = 0; i < maxClips; i++) {
var clip:MovieClip = _root["boxx" + i];
clip.removeMovieClip ();
}
}
Ahora solo lo que tienes que hacer es en tu frame 50 poner: createClips();
y en el frame 100 antes del gotoAndPlay(1) : deleteClips();
espero te sirva y le entiendas
