Respecto a las preguntas 1 y 2, si no se pudieran hacer ninguna de esas 2 cosas... no existieran los portafolios... digo ese es el fin de un portafolio, dar a conocer que has hecho y para quien, es como los fotografos super famosos que tienen en su portafolio miles de fotos con artistas y celebridades del mundo y no le hacen ningun pedo... porque ese fue su trabajo...
Digo puede ser que a tu jefe le de miedo que hagas tu portafolio porque alguien mas lo puede ver y ofrecerte mas $
Yo digo que es un poco infantil la actitud que esta tomando tu jefe, y deberias de armar tu portafolio con todo lo que tengas y solamente dejar dicho para quien se lo hiciste, cuando y links (si existen).
3. Depende de que les diste de tu aplicacion, hay programas que te encriptan el codigo fuente (zend) y mediante eso puedes obtener algun tipo de proteccion para ti, al igual que puedes proteger legalmente tus trabajos en linea (
aqui puedes checar un articulo extenso de 2Advanced respecto a esto que preguntas, muy interesante)
Saludos!